Il Museo espone collezioni naturalistiche che rappresentano il proprio territorio: la Maremma, intesa come insieme di tutti gli ambienti della Toscana meridionale.
La complessità della vita, le relazioni tra gli organismi viventi e il loro ambiente sono il nodo centrale attorno al quale si sviluppano le attività del museo, che spaziano dalla didattica alla esposizione e conservazione dei reperti, all’organizzazione di eventi e di attività partecipative, alla ricerca scientifica.